Nom : Format de Données Flexible de SIESTA
Extension : fdf
Spécification : documentation de SIESTA
Programmes de visualisation : N/A
Atomsk peut lire les fichiers au format de données flexible de SIESTA (fdf). Si le fichier contient des positions atomiques en coordonnées réduites ou à l'échelle de la boîte, alors elles sont automatiquement converties en coordonnées cartésiennes. Notez que si le paramètre de maille, les vecteurs de boîte, et/ou les coordonnées des atomes sont en Bohrs, alors Atomsk ne les convertit pas automatiquement. Au besoin, il est possible d'utiliser l'option -unit
pour convertir explicitement les coordonnées après avoir lu le fichier FDF. Les "types" des atomes sont sauvegardés comme une propriété auxiliaire, de façon à être transmis aux formats de sortie qui les supportent.
Lorsqu'il écrit un fichier au format FDF, Atomsk écrit toujours les paramètres de maille et les positions atomiques en coordonnées cartésiennes. Celles-ci sont supposées être en Angströms ; si elles sont en Bohrs, alors la ligne "AtomicCoordinatesFormat Ang
" sera fausse et devra être corrigée. Si les types des atomes sont définis, alors ils sont utilisés ; sinon Atomsk génère automatiquement de nouveaux types d'atomes pour chaque espèce chimique, dans l'ordre de leur apparition.
atomsk my_system.cfg fdf
Ceci va lire le fichier my_system.cfg
, et le convertira en my_system.fdf
.
atomsk input.fdf -unit B A vesta
Ceci va lire le fichier input.fdf
, convertir les paramètres de maille et les coordonnées des atomes de Bohrs vers des Angströms, et écrira le résultat dans input.vesta
afin d'être visualisé avec VESTA.