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Mode : fonction de distribution radiale

Syntaxe

atomsk --rdf <fichierliste> <dR> [options]

Description

Dans ce mode Atomsk calcule la ou les fonction(s) de distribution radiale (radial distribution function, RDF) des systèmes contenus dans le <fichierliste>.

L'analyse est faite pour toutes les "peaux" [R;R+dR] où R varie de 0 jusqu'à <Rmax>, et est moyennée sur tous les atomes (moyenne spatiale). Le rayon maximal <Rmax> et l'épaisseur <dR> de la "peau" doivent être fournis (en Å). Le rayon maximal <Rmax> peut être supérieur à la taille du système.

Le <fichierliste> doit contenir une liste de fichiers à traiter, chacun de ces fichiers contenant une configuration d'une simulation en dynamique moléculaire par exemple. La fonction de distribution radiale finale est moyennée sur toutes ces configurations, autrement dit il s'agit d'une moyenne spatiale et temporelle.

Si les systèmes contiennent plusieurs espèces chimiques alors les fonctions de distribution radiale partielles sont calculées. Par exemple si des atomes A et B existent, alors Atomsk calculera les fonctions de distribution des atomes A autour des atomes A, de B autour de A, et B autour de B.

Après le calcul les fichiers suivants sont produits (<A> et <B> sont remplacés par les symboles atomiques) :

Si ce mode est appelé avec une ou plusieurs options alors elles seront appliquées au système avant le calcul des fonctions de distribution.

Performance

Ce mode utilise un algorithme de recherche de voisins, qui n'est malheureusement pas très optimisé dans Atomsk. Le temps nécessaire pour la recherche de voisin augmente linéairement avec le volume (donc en R3). Il est donc conseillé d'utiliser une valeur de Rmax aussi petite que possible, typiquement entre 10 et 20 Å. Après cela, le temps nécessaire au calcul de la RDF en elle-même augmente linéairement avec le pas dR, et avec le nombre de particules.

Exemples

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