atomsk --diff <fichier1> <fichier2> [options]
Ce mode calcule les différences entre deux configurations atomiques.
Les vecteurs de déplacement sont définis comme la soustraction des positions contenues dans le <fichier1> de celles contenues dans le <fichier2> (autrement dit disp=<fichier2>-<fichier1> ). Les deux fichiers doivent contenir exactement le même nombre d'atomes, et correspondre au même système (c-à-d. mêmes vecteurs de boîte, mêmes types d'atomes, etc.) pour que le calcul ait du sens. Les deux fichiers peuvent être dans des formats différents, tant que ces formats sont pris en charge par Atomsk.
Si des propriétés auxiliaires existent dans les deux systèmes, alors la différence entre les propriétés correspondantes est aussi calculée, c'est-à-dire pour les propriétés auxiliaires qui ont exactement le même nom dans le deux fichiers d'entrée. Les propriétés qui existent dans l'un des fichiers d'entrée mais pas dans l'autre sont ignorées, et n'apparaîtront pas dans les fichiers de sortie.
Le résultat est écrit dans six fichiers différents dont les noms sont préfixés avec le nom du <fichier2>:
i dr species
" (i
=indice de l'atome, dr
=norme du déplacement).Notez que ce mode suppose que les coodonnées des atomes n'ont pas été translatés ni remis dans la boîte. Si des atomes ont été replacés dans la boîte (soit par le code de simulation utilisé, soit parce que Atomsk a été exécuté avec l'option -wrap
) alors certains atomes peuvent donner l'impression d'avoir été "téléportés" d'une extrémité de la boîte à l'opposé, et les vecteurs de déplacements peuvent être incorrects. Si des atomes ont été replacés dans la boîte, vous pouvez les déballer avec le mode --unwrap
avant d'utiliser le mode --difference
.
Si ce mode est appelé avec des options, alors ces options seront appliquées à chacun des deux systèmes avant le calcul de leur différence.
atomsk --diff initial.grs final.xsf
Ceci calculera les différences de positions atomiques entre initial.grs
et final.xsf
.