-shift <τX> <τY> <τZ>
-shift <above|below> <d> <normale> <τX> <τY> <τZ>
Cette option permet de translater tout ou partie du système d'un vecteur τ.
Si seules les composantes du vecteur τ sont données, alors tous les atomes sont translatés (ou les atomes sélectionnés, voir ci-dessous).
Sinon, tous les atomes situés au-dessus (ou en-dessous) du plan donné seront translatés du vecteur spécifié. Les paramètres associés à cette commande sont :
La distance <d> et les composantes τX, τY, τZ sont généralement données en Å. Il est également possible de spécifier une distance relative aux dimensions de la boîte avec le mot-clé BOX et une opération (voir cette page).
La direction <normale> au plan peut être 'x', 'y', 'z' (axes cartésiens), ou une direction cristallographique définie par ses indices de Miller (voir comment spécifier les indices de Miller). Si l'orientation crystallograpĥique du système est définie (par exemple grâce à l'option -properties
) alors les indices de Miller se réfèrent à cette orientation. Sinon il est supposé que l'orientation est X=[100], Y=[010], Z=[001].
Notez qu'après avoir été translatés certains atomes peuvent se retrouver hors de la boîte. Pour les replacer dans la boîte il est possible d'utiliser l'option -wrap
.
Si certains atomes ont des coquilles (dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille), alors les cœurs et coquilles sont translatées du même vecteur.
Si une sélection est définie (avec l'option -select
) alors seuls les atomes sélectionnés seront translatés.
Par défaut aucune translation n'est appliquée.
atomsk initial.cfg -shift 1.5 2.0 0.6 final.xyz
Ceci va lire le fichier initial.cfg
et translater tous les atomes de 1.5 Å suivant X, 2 Å suivant Y, et 0.6 Å suivant Z. Le résultat final sera écrit dans final.xyz
.
atomsk initial.cfg -shift above 12 z 0.2 0.6 0.0 final.xyz
Ceci va lire le fichier initial.cfg
et translater les atomes situés au-dessus de Z=12 Å d'un vecteur (0.2,0.6,0). Le résultat final sera écrit dans final.xyz
.
atomsk initial.cfg -shift above 0.5*BOX z 0.2*BOX 0.6*BOX 0.0 final.xyz
Ceci lira le fichier initial.cfg
et translatera les atomes situés dans la moitié haute de la boîte suivant Z de 0.2 fois la longueur de la boîte suivant X, et de 0.6 fois la largeur de la boîte suivant Y (aucun déplacement suivant Z). Le résultat sera écrit dans final.xyz
.
atomsk initial.cfg -shift below 3.2 x 0 0 -0.5 final.xyz
Ceci translatera les atomes ayant une coordonnée X<3.2 Å de -0.5 Å suivant Z (pas de translation dans les autres directions).
atomsk initial.cfg -shift above 10 [2-11] 0 0 -0.5 final.xyz
Ceci translatera les atomes situés à une distance de l'origine supérieure à 10 Å suivant la direction [211] de -0.5 Å suivant Z (pas de translation dans les autres directions).
Vous pouvez regarder les scripts fournis avec le programme dans le dossier "examples". Le dossier "SrTiO3_gamma_surface
" contient un scipt bash qui construit différents systèmes pour calculer la γ-surface (1-10) du titanate de strontium.