atomsk --nye <fichier1> <fichier2> [options] [<fichiersortie>] [formats]
Ce mode calcule le tenseur de Nye de chaque atome, une quantité liée au gradient de déformation locale. Le tenseur de Nye peut être utile pour visualiser des défauts cristallins, comme les défauts ponctuels, les dislocations, ou les défauts planaires (défauts d'empilement, macles, joints de grains...).
Le calcul suit la méthode décrite dans C.S. Hartley, Y. Mishin, Acta Mater. 53 (2005) 1313. Soit une maille de référence définie par un jeu de positions atomiques P et un réseau déformé défini par Q, le tenseur de correspondance est calculé de la façon suivante :
G = (QT Q)-1 QT P
Une fois que le tenseur G est calculé pour chaque atome, alors le tenseur de Nye α est calculé à partir de ses dérivées spatiales (εimk est le symbole de Levi-Civita) :
αjk = -εimk ∂mGij
Ce mode requiert deux fichiers : un <fichier1> contenant un système de référence, et un <fichier2> contenant le système à analyser. Le système de référence peut être :
Les deux fichiers <fichier1> et <fichier2> peuvent être du même format, ou bien de formats différents, tant que ces formats font partie de ceux supportés par Atomsk.
Les neuf composantes du tenseur de Nye sont enregistrées comme propriétés auxiliaires pour chaque atome (dans l'ordre suivant : α11, α12, α13, α21, α22, α23, α31, α32, α33). Notez que Atomsk n'écrira ces propriétés auxiliaires que si le format du fichier de sortie le supporte, comme c'est le cas du format CFG d'Atomeye (voir cette page pour une liste des formats supportant les propriétés auxiliaires).
Si ce mode est utilisé avec une ou plusieurs options alors celles-ci seront appliquées au <fichier1> et au <fichier2> avant que le tenseur de Nye ne soit calculé.
Notez que ce mode suppose que tous les atomes se trouvent dans la boîte. Si ce n'est pas le cas alors le calcul peut donner de mauvais résultats. Les atomes peuvent être replacés dans la boîte grâce à l'option -wrap
.
atomsk --nye reference.xsf dislocation.cfg nye.cfg
Ceci calculera les valeurs du tenseur de Nye dues aux déplacements dans le fichiers dislocation.cfg
, en utilisant reference.xsf
comme système de référence. Les positions et valeurs du tenseur de Nye seront écrites dans le fichier nye.cfg
.
atomsk --nye unitcell.xsf mysystem.cfg nye.cfg
Dans cet exemple, une maille élémentaire est fournie comme système de référence. Atomsk construira les environnements atomiques de référence depuis le fichier unitcell.xsf
, puis calculera le tenseur de Nye. Le résultat final sera écrit dans le fichier nye.cfg
.
atomsk --nye NULL monsysteme.cfg nye.cfg
Dans cet exemple, le système de référence est indiqué comme "NULL", c'est-à-dire qu'aucun système de référence n'est fourni. Atomsk va lire les positions des atomes depuis le fichier monsysteme.cfg
, et moyennera leurs environnements pour construire la référence. Ensuite, il calculera le tenseur de Nye, et écrira le résultat dans nye.cfg
.